1996年以来承担课题
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1. 治疗型乙肝疫苗的研究，863重点项目（1996－2000）
2. 新型治疗型乙肝疫苗的研究，863项目（1996－2000）
3. DNA疫苗的研究，863 项目（1996－2000）
4. 乙肝表面抗原－课题－DNA三重复合型疫苗的研究，国家教育部(1997－2000)
5. 肝炎病毒致病相关基因研究，自然科学基金重点项目（1997－2000）
6. 肝炎病毒基因的复制与表达，上海市科委基础研究重点项目(1998－2000）
7. 丙型肝炎病毒基因复制、表达的应用性基础研究，国家自然科学基金国家B类科学基金(1999-2001)
8. 丙型肝炎病毒RNA多聚酶的蛋白质联系图谱研究，国家自然科学基金(1999－2001)
9. 感染性丙型肝炎病毒cDNA克隆及RNA转录体构建，国家教育部优秀青年教师基金(1997-2000)
10. DNA芯片制造与应用研究，上海市科委重大科技创新项目(1999-2001)
11. 丙型肝炎病毒基因组3’端非编码区的应用性研究，卫生部科研基金（1998－2000）
12. 英国Wellcome Trust基金（1998－2000）
13. 丙型肝炎病毒基因复制机理的研究，霍英东教育基金(1999－2001)
14. HCV基因、病毒蛋白和细胞蛋白间的相互作用，教育部青年教师教学和科研奖励基金(2000－2004)
15. 病原微生物基因组研究，863项目（合作）（1998－2000）
16. 乙型肝炎病毒致病机理及免疫应答机制的研究，国家重大基础研究发展规划项目（2000－2005）年到位科研经费达200多万元。
17. 表皮葡萄球菌和痢疾杆菌功能基因组及功能性基因的研究，国家科技部 863计划 （2001．1-2003．12）
18. 抗原-抗体-DNA三重复合型乙肝治疗性疫苗的研制, 国家科技部863计划 （2001．1-2003．12）
19. 中国慢性乙型肝炎病人树突状细胞功能的研究,国家自然科学基金委员会与香港研究资助局联合资助基金（2002－2004）
20. 乙型肝炎病毒多聚酶新功能区的基础与应用研究，国家自然科学基金（2002－2004)
21. 表皮葡萄球菌感染形成生物膜的分子机理的研究,国家自然科学基金(2002-2004)
22. 乙型肝炎病毒多聚酶基因变异表达及功能研究的基础与应用研究,上海市重点项目(2001-2004)
23. 乙型病毒型肝炎的基础及应用研究,复旦大学Med-X基金重点项目(2001-2003)
24. 中国农村地区细菌性痢疾疾病负担研究,国际合作(国际疫苗研究所)(2001-2003)
25. 亚洲乙型脑炎性疾病及其后遗症的研究,国际合作(国际疫苗研究所)(2001-2003)
26. 抗微生物感染药靶的研究（表皮葡萄球菌）,上海市重大项目(2002-2004)
27. 《基于生物信息学的药物新靶标的发现和功能研究》973项目分课题： 抗葡萄球菌的药物靶标的发现和功能研究
28. 表皮葡萄球菌和痢疾杆菌功能基因组及功能性基因的研究,国家科技部863计划(2001.1-2003.12)
29. 乙肝治疗性疫苗的研究，国家科技部863计划重大专项， （2002-2005）
30. La蛋白导丙型肝炎病毒研究 自然基金 （2002－2004）
31. 上海地区非典型肺炎病原学的研究（上海市卫生局）（2003年）
32. SARS病毒灭活疫苗研究（上海市科委）（2003-2004）
33. SARS疫苗研究 复旦大学 （2003）
34. SARS快速诊断技术和方法研究 复旦大学上海医学院（2003）
35. SARS病原学和生物学特性研究 上海市卫生局 （2003）
36. 病原性细菌后基因组研究 国际合作项目（巴西）
37. 病原性细菌生物膜研究 国际合作项目（丹麦）
38. 肝癌病毒基因致肝癌的蛋白质组学研究－863子课题（2003）
39. 抗结核杆菌药物靶标的发现和验证
40. 复旦生命科学院“973”合作项目 （2003－2007）
41. 表皮葡萄球菌生物膜形成中蛋白表达差异的研究,复旦大学上海医学院青年科学基金 2003
42. 双信号传导系统对表皮葡萄球菌蛋白表达及生物学功能的影响。复旦大学上海医学院青年教师启动基金（2003 ）
43. 上海市结核分支杆菌流行菌株DNA指纹图谱研究,上海市科委 （2004-2005）
44. 结核杆菌新的索状结构基因的功能研究 自然基金 （2004－2006）
45. Identification of potential new drug targets of M.tuberculosis using comparative gene expression analysis WHO TDR Program 2004-2005
46. Alpha辅肌动蛋白对丙型肝炎病毒RNA多聚酶的调控 自然基金 （2004－2006）
47. RNAi技术在乙型肝炎治疗中的应用研究 科委重大科技攻关项目(2004年7月-2006年12月
48. tRNA调节Co1E1型质粒DNA在氨基酸饥饿的大肠杆菌中复制机理研究 国家自然科学青年基金 （2005-2007）
49. 丙型肝炎病毒NS5A蛋白与细胞FKBP38蛋白的相互作用
    上海市科委项目 （2005-2006）
50. 第四批研究生创新基金 复旦大学
51. 中德科学基金研究交流中心（SARS合作项目）
    中德合作项目（2004-2006）

52. 比较基因表达分析法鉴定结核杆菌的药物靶标（WHO-TDR)                                  WHO项目

53. 第35批中国博士后基金

54. 亚洲乙型脑炎性疾病及其后遗症的研究                                                  国际合作项目（国际疫苗研究所）

55. 细菌性痢疾疾病负担研究 国际合作项目（国际疫苗研究所）

56. 双组分信号转导系统YycG/F调控表皮葡萄球菌生物功能的分子机制                        国家自然科学青年基金（2005-2007）

57. 乙型肝炎病毒与干扰素在宿主细胞内的相互作用
    国家杰出青年基金 （2005-2008）

58. 双组分信号转导系统YycG/F调控表皮葡萄球菌生物功能的分子机制。上海市科委 （2006-2007年）

59. MyD88蛋白调控乙型肝炎病毒基因复制和表达机制的研究。国家自然科学基金（2006 年）

60. 表皮葡萄球菌数量阈值感应系统（AI-2 ）抑制生物膜形成的分子机制研究。国家自然科学基金面上项目（2006.1-6年）

61. 用持续表达乙肝病毒表面抗原模型研究病毒- 细胞作用新机制。国家自然基金重点项目（2006.1-9年）

62. 乙型肝炎病毒与干扰素在细胞内相互作用。国家杰出青年（2005-2008 年）