结核分枝杆菌功能基因组:
以海分枝杆菌为对象，利用细胞和斑马鱼模型研究结核分枝杆菌致病基因及其致病机理。结核分枝杆菌细胞壁成分和结构与其形态、致病及潜伏感染密切相关。目前主要课题包括研究与结核分枝杆菌形态相关的致病基因及其功能；结核分枝杆菌菌株的基因组差异及其进化等。

表皮葡萄球菌功能基因组研究。
表皮葡萄球菌是引起医院内感染的重要条件致病菌，生物膜是其致病的主要原因。生物膜的形成提高了细菌抵抗人体免疫系统和抗生素的能力，成为不断产生游离细菌的储藏所。阐明生物膜形成的分子机制 是我们有效防治其感染的基础。我们主要集中在研究与生物膜形成相关的基因分离鉴定、生物学功能及其调控机制。

致病菌与宿主相互关系的研究：
主要采用分子生物学手段研究Mtb(Mycobacterium tuberculosis)与宿主之间的关系，特别是Mtb或 Mtb/HIV感染人体后重点基因不同剪接亚型的表达在疾病中的作用以及可能的机制研究。